Un cambias de puerto overnet o cargas este antes que el edonkey. una vez tienes cargado overnet ya puedes iniciar edonkey.
Si pretendes tener los 2 abiertos al mismo tiempo, no se te ocurra poner que ambos programas tengan el mismo directorio para los archivos temporales porque lo que te bajas con uno de los programas no lo ve el otro hasta que lo inicializas, así que podrías cargarte el fichero.
PD: te aconsejo que si no sabes de que va no cambies el puerto desde el que escucha overnet, mejor ejecuta antes edonkey.