antes yo utilizaba otro que era "gfx2gba" que es el que se utiliza para GBA. Creo que hay una version para linux.
El problema de este es que no te hace el all_gfx.h y no te permite decir que color es el transparente (pilla el primer color de la paleta) por lo que me puteaba porque tenia que editar las imagenes y poner el primer color de la paleta al que queria transparente.
Tambien tendras que utilizar otras funciones con el PA_gfx para cargar las cosas, ya que con el PAGfx mollusk sabe que nombre tendras los arrays, etc...
Un ejemplo de la wiki de palib:
PA_LoadSimpleBg
This function is used if you load backgrounds which were not converted with PAGfx, usually with gfx2gba.
PA_LoadSimpleBg(screen,bg_number,bg_Tiles,bg_Map,bg_Size,wraparound,color_mode);
For use this function we need to create three files with this info each bg: