El problema es que la mayoría de juegos de Amiga funcionan con un solo botón de pad/joystick (están programados así), vamos, que los dos botones te harán a misma función. Pero en los pocos juegos que están preparados para dos botones con función distinta te funcionará el de megadrive perfectamente con dos botones. Por ejemplo, el Flashack (te pemite seleccionar mando de uno o dos botones).
Ojo, yo no tengo ni idea técnica, pero he leído a fanáticos del Amiga (o muy entendidos), que usar mandos de megadrive en un amiga puede causar problemas. Yo creo que es una exageración. Yo lo hecho y ningún problema, pero a saber.