Yap, a mi me pasó lo mismo.
¿Activaste la opción de "Joystick device support" en el kernel? Es que, aunque actives el USB y el HID, si no activas esa opción, el pad no lo reconoce como tal.
En teoría debe ser eso, porque los pads USB en Linux están perfectísimamente probados, al menos a mi no me ha dado ningún problema ni el pad ni el joystick, los dos por USB y de Logitech.