Poca diferencia hay realmente, el hijo es de los dos a partes iguales, así que lo que te dicen, elegid el que más convenga. Conjunta me da a mi que si se puede hacer si tenéis hijos, consúltalo mejor.
Otro problema es el de viudedad y herencia. Aquí casi mejor ser pareja de hecho (o casarse, claro), porque como palme uno de los dos, el otro se queda sin pensión. La herencia es más complicado pero a la vez más simple, tengo entendido que salvo que te cases (o que haya un testamento previo) no heredas piso, coche o dinero... pasaría a ser de tu hijo, que en fin, no es perderlo, pero puede ser un problema en caso de necesidad.