No hay problema, de echo puedes llamar a tu banco y comentarles la situación.
El pago no está echo como tal. Cuando pagas con tarjeta de débito, el dinero queda retenido durante unos días, no es un pago directo. Aunque en tu cuenta figure la transacción, el dinero sigue siendo tuyo aunque ya no figure en tu cuenta, no ha llegado aún a la tienda.
De echo no pienses que es por seguridad a la hora de comprar (ahí los bancos son unos caraduras). Es precisamente un sistema de seguridad utilizado cuando pagas con tarjeta, debido a problemas entre, digamos, "sincronización" entre plataformas. Vamos, problemas como el tuyo.
De echo es bastante probable que en la tienda no tengan ni idea, ya que la transacción no se llego a realizar por su parte y no les figura nada. Llama al banco, coméntale la situación, y posiblemente te dirán que esta retenido y que te lo devolverán en X plazo.