Es que en realidad hay una tendencia generalizada a hacer mal el proceso de pago de las nóminas. La nómina debe entregarse al trabajador en el momento en que se hace el pago, que la firme o no carece de implicaciones legales respecto a si está conforme o no con lo recibido, simplemente confirma que ha recibido esa cantidad (luego podrá reclamar si entiende que es menos de lo que debería). El no entregarlas es una infracción empresarial y puede suponer una multa.
Vamos, que en el momento en que se transfiere, se entrega cheque, o se paga en efectivo, se pone la nómina a disposición del trabajador para su firma, se envía por email o se sube a la intranet de la empresa (de tenerla). Si el trabajador no firma, tú, al menos, habrás cumplido tu obligación de entregar la nómina.
Si no firma la nómina y está recibiendo el pago en efectivo/cheque, otra opción es, junto con el dinero, darle la nómina, que no firme si no quiere, pero que firme un recibí de las cantidades para poder probar la empresa el pago.
Por supuesto, siempre que no se haga el pago por transferencia (la cuál ya prueba por si misma el cumplimiento de la obligación del pago).