A ver, pues SOSPECHO que el problema va a estar aquí:
No estoy usando juegos de Gameboy, sino el flashcart Smart Card 64M. Sin embargo, tengo entendido que si le metes roms de GB (no GBC) sin mezclarlas con roms de GBC, la flashcart actúa como un cartucho genuino de GB, y la consola debería dejar colorearlos a tu antojo, no con la paleta predeterminada.
Además de los foros de nesdev.com (donde postea el creador del firmware de la flashcart), en el hilo "oficial" de ella en EOL también se hacía incidencia en ello.