No tengo ese Pandora, por lo que debes tomar con ciertas reservas lo que te diga.
Si te he entendido bien, los botones a y b no los deja mapear. Eso me suena a funcionamiento del Pandora y no cosa del jamma. Sería bueno que alguien que tenga ese modelo pueda confirmarte ese punto.
Sabiendo eso, si vas a usar solo el Pandora en esa maquina, puedes cruzar tu los cables como quieras en el cableado jamma original o añadir un extensor y puentearlo ahí, cruzando botones. Un extensor jamma macho hembra lo encontrarás en ebay por menos de 10 euros, y haciéndolo sobre él aseguras el correcto funcionamiento del cableado original de la máquina.
Lo que no se es que hace ese cable rosa de la foto que está por encima del resto. Ese lo has puesto tú o venía así?