A mi me paso lo mismo, la carpeta emummc se me corrompio. Como lo sulucione....pues desde hekate.
Lo primero que hice fue formatear la microsd, ya de perdidos al rio....en formato fat32 el exfat suele dar muchos problemas. Como mi microsd tiene una partición oculta donde esta la copia de sysnand pues es facil restaurarla...despues de formatearla en el pc pongo la microsd en la consola y conecto la switch al pc por usb....lanzo tegrarcmgui y hekate como payload.....(versión 5.70 de hekate) la primera pantalla que aparece al lado derecho hay un icono que pone emummc, entra y ejecuta migrate emummc....con lo cual crea nuevamente una copia de la emunand oculta y la pone como carpeta emmummc......despues me arranco perfectamente....eso si...pierdes todos los juegos y partidas.