Tendras que investigar un poco como va el tema, porque te veo muy perdido
En Kega Fusion, lo primero es que si quieres usar bien la resolucion, teniendo un monitor de 1366x768, es o usas escalado entero, o buscas la proporcion 4:3 o estiras lo mas posible
Para los ultimos dos, tienes que usar algun filtro simple2x o simple4x preferiblemente + bilinear, y podras llenar la pantalla lo mas posible con o sin aspect, y jugar con los aspect Fit, Zoom, multiple, etc
Sobre el Zsnes, tienes que ir al Video Config> seleccionar una resolucion CUSTOM DSF, escribir en la parte derecha en Custom la resolucion o sea, 1366 en una casilla y 768 en otra, y darle a SET, luego a SET nuevamente
Alli lo tendras a pantalla completa