Hola, pues el caso es que probar, no he probado el loader que dices, pero lo que sí está claro, es que los modos del 1 al 3, no se llaman así en realidad (porque tienen su explicación, que coincide con los tres primeros modos que te salen al pulsar select en tu hdl). De modo que cuando dicen modo 3, se refieren simplemente al 3er modo empezando desde arriba en el menú del hdl (el del select, claro).
Por otro lado, si tienes un pc, quizá te resultaría más fácil pasar los juegos desde ahí, en concreto, yo uso (hay otros tantos, pero éste me va, y no me aventuro a seguir probando) el LordBoGaMi, que es bastante fácil de usar, y seguro que hay tutoriales que te dicen cómo usarlo.