Yo hace ya casi un mes que no tengo, os lo pongo por si ayuda a alguien.
Lo mio al final era el disco duro, ni scandisk, ni chkdsk me detectaban nada, pero use el ultimate boot cd y desde una distro de Linux live pase un par de programas de testeo de superficie, me detecto un sector dañado (4Kb) que es tan poco que parece mentira lo que genera, y desde entonces cero problemas.
Lo curioso es que no era en el disco del sistema, sino en uno secundario, y me parecia ridiculo, pero me di cuenta que como lo tengo configurado por defecto para albergar los archivos temporales debia ser ese el problema.
Saludos.