No, eso sólo es para configurarlos la primera vez.
Para actualizar, se hace con:
urpmi.update -a
Y para actualizar todo el árbol de paquetes:
urpmi --auto-select
Si te tarda (conexión lenta), en vez de configurarlos con los hdlist.cz, utiliza los synthesis.hdlist.cz, que son mucho más pequeños. Los puedes sacar directamente, marcando la casilla en EasyURPMI de "Use compressed index"