Que funcionen los backups tiene mas que ver con la bios que le pongas a la criatura.
Yo con GCos 1.5 para juegos de un disco y la beta nueva de GCos para los multidisco no he tenido ni un solo problema, han funcionado todos mis backups grabados en traxdata mini.
Lo de meter mas cosas en la sd, pues se deberia, porque una vez que tengas cargado el sdloader puedes cargar cualquier .dol que tenga dentro de la tarjeta.