A ver, el "MKV" no es un formato de compresión de video, ni nada parecido, es un simple contenedor. Lo bueno de este contenedor es que nos permite hacer o tener mejor dicho prácticamente las mismas prestaciones que un Blu-Ray pero sin estar en formato óptico. Podemos tener menús, subtitulos, diferentes pistas de audio... y lo que es "mejor" se suele utilizar como estándar para formatos en Alta Definición, ripeados a su vez de un HDDVD o BluRay.
¿Por qué Sony no lo integra dentro de las posibilidades de PS3? No es porque no pueda tirar la consola con ellos, que seguramente pueda y mas, pero como comprenderás demasiado es que permite la reproducción de la mayoria de formatos estandarizados... y al igual que pasa con XBOX que reproduce "WM HD" PS3 reproduce los M2TS que es el formato que utiliza los bluray. Pero no se hará competencia con un formato que pueda competir directamente con lo que se quiere que sea el soporte óptico del futuro al menos a medio plazo...