La respuesta es que a linux le da exactamente igual que sean primarias que logicas. Instalalo donde mejor te parezca.
Luego ejecuta como root:
#cfdisk
Las particiones tienen que estar hechas, solo has de darle formato con esto. Para reparticionar, usa un programa tipo partition magic o bajate algun programa para knoppix como parted (o guiparted).
Respecto al sistema de ficheros, puedes usar ext3, reiserfs y xfs (que son los mejores para linux)