Los datos (del progreso de los juegos) no se graban en el disco del juego, por lo que es irrelevante en qué formato los tengas. Y el guardado en la nube, sólo es para los usuarios con suscripción a PsPlus, no es algo que se disponga por defecto.
A parte que volver a descargar de Internet todos los juegos que tenías instalados en la consola, puede llevarte un buen rato, y no hablemos ya si tienes una mala conexión.
Siemplemente es una forma de agilizar el proceso de migración de una consola a otra.