SI, cambio de placa base = formatear y reinstalar. De otra forma windows se hace la picha un lio y todo van a ser problemas (mas siendo win 98). Puedes arrancar con el sistema tal y como estaba, windows detectara la nueva placa y probablemente funcionara, pero a la larga todo seran problemas... formatea cuanto antes.
cositas a cambiar en la bios:
En SoftMenu, comprueba que tu micro este correctamente detectado y que este a su velocidad correcta.
En advanced chipset features, especifica los timings de la memoria correspondientes a la memoria que tienes, pon "AGP Aperture Size" a la mitad de la RAM del sistema, AGP data transfer rate a lo correspondiente a tu grafica (4x creo) y activa la ultima opcion (agp fast write).
En integrated peripherals puedes desactivar lo que no uses (puertos COM, puerto paralelo, FireWire, SerialATA) y asi liberas recursos del sistema y IRQ's.