a mi tambien me ha pasado mas de una vez, pero encontre una solucion muy buena, yo lo que hago es crear dentro de DCIM una carpeta con 3 numeros 3 letras y 2 numeros, por ejemplo 100NIN01 (en mayusculas) y las fotos que coloco dentro tienen nombres como NIN_01,NIN_02 y similares, yo lo que hago es convertir fotos en 3D con un programa especial y las pongo en la 3DS y funcionan bien con este metodo el programa que uso es el siguiente:"Roxio 3D Photo Creator" y hasta el momento no he tenido problemas, va perfectamente