Si no me equivoco, lo indico al final del tutorial: tienes que tener los archivos con la extensión .vmu Para esto, si la página sólo tiene un enlace, pincha con el botón derecho del ratón, dale a "copiar acceso directo", abre una nueva ventana del explorador, botón derecho del ratón y le das a "pegar. Substituye vmi por vmu y dale a "Ir" o directamente al enter. Debería empezar la descarga. Y el archivo que encontrarás en tu disco duro tendrá la extensión adecuada.
En cuanto a lo del nombre, en una de las dos webs que incluía el tutorial (tendría que releerlo, pero vamos, seguro que pronto sabes de cual te hablo) te ofrecía la descarga con el link como .vmi y tambien como .vmu así que con bajarlo de la segunda manera también te vale. Eso sí, en esta web, te indican además el nombre que debería tener el archivo.vmu para que luego de verdad sirva en la Dreamcast: es decir, tu te bajas un archivo llamado 34563221.vmu y en la misma página de donde la bajas, te dice que lo tienes que renombrar a MarvelVsCap2.vmu.
Espero haberte sido de ayuda.