Lo que te pasa es completamente normal. Al parchear el juego este lo tienes que grabar con el cdrwin (seguramente habra otros, pero este a mi me a dao 0 errores asi que soy fiel a el), la version que uso es 3.9 C , te lo digo pq creo q con el cdrwin 5 da problemas, pero ya te digo no estoy muy seguro.
El juego al parchearlo esta en modo 1 y si lo grabas en modo 1 nunca te va a funcionar en la ps2, asi q hay que configurar unas cosas en el cdrwin pa que esta imagen en modo 1 se quede en modo 2 y te funcione ok.
Una vez instalado el cdrwin entra en la 4 ventana (el dibujo sale una llave inglesa y un destornillado) se llama File Backup and tools. Te voy a poner como yo lo tengo puesto y me va bien, si alguien ve alguna mejora que la diga y asi aprendo yo tb:
En Backup/tool operation (arriba del todo) pon Record an ISO9660 / UDF image file
Ahora en la parte de abajo del todo, en Recording Options:
CD/DVD Recorder aqui elige tu grabadora
Disc Type : pon CDROM-XA
Track Mode: pon MODE2
Speed: yo tengo 4x pero he grabado a 12x y tb va, pero como no tengo prisa prefiero asegurar.
Señala Finalize / close session y Write Postgap , lo demas dejalo sin marcar
Para grabar el juego haz click donde pone Image file , esta mas o menos en mitad de la ventana, le das a los ... y ai indicas donde tienes el iso. Una vez indicado pulsas START y en unos minutos tienes listo pa correr tu backup.
Si no te queda muy claro algo pregunta por aki e intentare resolverte la duda lo antes posible.