Lo he probado y me funciona perfectamente, en distintos directorios. Solo le he probado con la version 1.0b del UltraXLE, que la distribuyen como UltraXLE-v1.0b.rar.
Si te da ese fallo es que el programa no puede abrir el fichero, verfica que UltraXLE.xbe existe y esta en el mismo directorio que ultra64fix.exe, mira tambien que UltraXLE.xbe no este protegido contra escritura. Lo puede probar alguien mas?
De todas maneras si sigue fallando a mas gente posteo el codigo fuente y vemos que puede ser.
Cuando lo hace correctamente devuelve este mensaje:
**************** UltraXLE fix 1.0 by Nuak ****************
****************
http://www.xboxreality.net ****************
** This fix patches UltraXLE.xbe so yo can have PJ64-X **
** and UltraXLE in the same directory, sharing the **
** same roms. You have to rename the UltraXLE **
** default.xbe to ultra64.xbe after running this patch **
**********************************************************
Seeking for Offset 0x5a617.
Patching... Patched OK
The program has rewrited 7 bytes in UltraXLE.xbe
Completed Succesfully!