Realmente no se si se deben o no parchear, pero yo meti el DSorganize y el scummvmds sin parchear y me funcionaron.
Si quieres puedes crear una carpeta para el Homebrew en la raiz de tu tarjeta para tenerlo todo mejor organizado.
Si te molesta lo del .dat parchealo sin marcar ninguna opción, y a si te rula pues mejor.