Si dices q ya te ha funcionado con un juego me imagino q tienes actualizado el firmware y el programa adecuado de la rumble n?
Una vez tienes el archivo q quieres parchear, ejecutas el parcheador de la supercard y le das al boton de add, dale al archivo q tu quieres parchear, y ya dale al boton de out( en realidad podrias toquetear una serie de opciones pero en principio no te hace falta).Luego si no has tocado el path de la carpeta donde te lo va a enviar el archivo parcheado lo debes tener en archivos_de_programa/SC/out, copia los dos archivos nuevos(el .nds.dsq y el .sav) en tu tarjeta SD y ya esta.