Si, yo "flashie" mi DS "tocha" con mi F2A Ultra (de hecho mis dos NDS).
No recuerdo haber hecho nada en particular, salvo preparar el flashme.nds para correr en este cartucho flash como cualquier otro homebrew (utilizar la versión .ds.gba o concatenar la versión .nds con el ndsmall.bin) y flashearlo como si fuera un juego de GBA. Fuera de eso no hice nada raro.
Solo alcarar que F2A no debe tener el loader "grabado" en el para poder ejecutar homebrew de NDS, es decir, debes vaciar la lista de juegos en el software "grabador" y poner solamente el FlashMe. Si todo sale bien, el software indicará en su "log" que no es necesario "grabar" el loader ya que solamente se estará "grabando" un "juego".