Primero deberías entender que estás hablando de formatos propietarios de disco... así que esperar soporte en una plataforma diferente de MSDOS/Windows ya es un poco complicado.
El sistema FAT se acabó popularizando y era relativamente sencillo y ligero de implementar, por eso verás montones de aplicaciones que lo soporten.
En cambio NTFS es mucho más complicado y solo hay un soporte parcial bajo Linux (yo al menos, me he topado con versiones que solo permitían leer unidades NTFS, aunque de eso hace ya bastante tiempo), con lo cual no debes esperar que fuera de Windows o Linux (al menos en modo lectura), se haga un uso de ese formato.
Yo lo que haría, o mejor dicho, lo que hice en su día con mi HDD, es crear tres particiones: la primera FAT32 de 40GB, me daba suficiente espacio para almacenar lo que quisiera almacenar, tanto para usarlo con Wii como para otras cosas. Y además, por ejemplo, mi grabador de TDT por USB, no soporta particiones mayores de 40GB y encima necesita por supuesto, de partición FAT32 (y algunos cacharros, la precisan en primer lugar) , asi que viene bien que sea la primera y no mayor de ese tamaño.
La segunda la creé en WBFS dandole un buen cacho y la tercera en NTFS, también dandole un buen cacho. Todas como particiones primarias
Así de esa forma, cubro todas las posibilidades y mi disco duro sirve para todo
