Con una sola partición desperdicias menos espacio, consigues gestión de errores, es más fácil editar cualquier cosa, tienes todo más organizado.
Mi consejo, cuando tengas tiempo, partición única, y como tamaño del disco, máximo 1TB. Más no se necesita y es más fácil que haya problemas.
Carpetas:
WBFS, para juegos de Wii
GAME, para los de gamecube
APPS, para programas de HBC, para usarlos o como copia
NANDS, para la emunand, para wiiware y saves
ROMS, para roms de emuladores
COVER, para carátulas de juegos
etc.
Las tres primeras no se pueden cambiar, las demás sí, pero hay que indicar las rutas en el programa (loader, emulador,...)