Puedes hacerlo como quieras =)
Una opcion es dejar una particion en formato WBFS exclusivamente para los backups de la wii.
Otra opcion (Es la que yo uso) es formatear el HDD en FAT32, y utilizar el Wii Backup Manager para pasar las isos. Este programa te crea una carpeta en el disco llamada WBFS y te coloca los backups dentro, con lo que puedes utilizar el resto de la capacidad del HDD para meter lo que quieras.
Si usas la búsqueda enseguida lo encuentras todo.
Salu2