Particionar disco duro

Alguien me podria ayudar para tener en un disco duro 2 particiones, una para juegos y utilizar el WhinIIp, y otra donde tener peliculas,etc.
Si utilizo el Ps2PFSExplorer para particionar el disco, el WhinIIp no me reconoce el disco y no puedo instalar ningun juego, tengo que formatear el disco para recuperar el control. ¿Me podriais decir como lo tengo que hacer?. Muchas gracias.