Yo la ultima vez que particione lo hice desde una knoppix live con su programa de particion y todo perfecto , puedes reducir la particion de linux y luego formatear la otra en fat32 (no recuerdo si deja ntfs) y luego que el w2000 ya te la pase a ntfs en la instalacion.
Puede que al instalar w2000 te machaque el sistema de arranque no estoy muy seguro porque yo siempre instalo win y luego linux pero seguro que otro forista o sino la busqueda avanzada te dice como recuperar el sistema de arranque.
Eso si , es muy recomendable hacer copias de seguridad al hacer estas cosas por si algo se tuerce , en la misma knoppix tienes un programa llamado partimage que te crea imagenes de las particiones , o sino a pelo copiando los directorios de tu sistema / a un cd , te hablo de la live de knoppix porque es lo que utilice yo pero perfectamente te puedes bajar esos programas y hacerlo desde tu linux instalado.
