En principio, te lo detectaría como una unidad de disco duro mas, y el sistema operativo te lo detectaría con una partición primaria activa y otra lógica.
Con un MBR adecuado y un cargador de arranque por selección (como un lilo o grub o cualquier otro) desde la partición primaria (y usando la partición lógica para el segundo), puedes meter dos o mas sistemas operativos totalmente funcionales y autoarrancables desde la propia USB, sin embargo, si prefieres tener un sistema de instalación de ambos sistemas, como si de CDs o DVDs por separado se tratasen, con una sola partición en FAT32 y un selector de arranque configurado a medida tendrías de sobra.
Por norma general, las bios no "entienden de particiones", las bios solo detectan los dispositivos de almacenamiento, ya sean ópticos (CD,DVD,BR), mecánicos (HDD), o por memoria solida SSD (como usbs, pendrives y tarjetas de memoria).
