Lo que debes hacer es eliminar todas las particiones. Para ello, usa un programa que te permita gestionar las particiones de disco duro. Desconozco cómo va el tema en Windows ni el Eaesus ese. Yo en Linux uso gparted y me va perfecto.
Una vez que elimines todas las particiones, te creas las que necesites y a tu gusto: por ejemplo, una para las backups de Wii, otra para la emulación de la NAND de la Wii y el resto para otras cosas. Si el disco duro es de 500GB, pues te creas una NTFS por ejemplo de 200GB para Wii (que luego debes convertir en WBFS con su programa específico para gestionar las backups), otra FAT32 (de 10GB por ejemplo) con tamaño de clúster de 32kB para la NAND de Wii, emuladores, etc. y una tercera partición en NTFS para otros datos que quieras guardar en el disco.