Hola,
no puedes tener dos particiones usando en el mismo disco duro un sistema de
archivos de la Ps2 y otro de la Wii, si lo que buscas es tener instalados los juegos
de cada una en un mismo disco duro.
Si formateas el disco duro con el Hdloader este se quedará en formato de Ps2.
Lo que si le puedes hacer luego son todas las particiones que quieras pero que
sean solo para meter datos como mp3, videos, imágenes etc...y si luego conectandolo
en la Wii ésta es capaz de detectar el disco duro sin problemas y también de leer ese
tipo de partición de solo datos, pues podrás usar esos datos en ambas partes,
pero sino, pues no es posible nada.
Saludos.