Windows no permite particionar unidades flash de ningún tipo, léase pendrives o tarjetas de memoria. Tendrás que usar una aplicación de terceros para poder hacer eso.
Si consigues particionar el pendrive, yo dejaría la partición de NTFS la primera y la de exFAT la segunda. No estoy yo seguro de que Windows quiera acceder a leerte la segunda partición por las buenas.