Yo en el portátil lo tengo así:
/dev/sda1 500M 34M 467M 7% /boot
/dev/sda2 29G 15G 14G 52% /
/dev/sda3 191G 53G 129G 30% /home
/dev/sdb1 917G 277G 594G 32% /home/alex/Almacen
SDB es un HDD normal SDA es el SSD, guardo datos en Almacén teniendo enlaces simbólicos de /home/alex/Documentos a /home/alex/Almacen/Documento y así con el resto de carpetas, Música, Imágenes...
Las descargas por ejemplo las hago directas en el SSD para descomprimir rápido...
Así ademas, aunque no es el caso de este pc, en otros, tengo varias distros y comparten las carpetas de datos (Almacén) sin problemas, y sin mezclar configuraciones.
El SSD lo vas a notar por ejemplo al abrir el libreofice , no al abrir dentro del libreofice un documento (Que serán por ejemplo 20 megas y eso un HDD también lo lee en menos de 1 segundo), por lo tanto, en la mayoría de los casos, no vas a necesitar tener los datos en el SSD sino los programas y el sistema operativo.
Por ejemplo en este PC, tengo el android SDK y android studio en el SSD y alguna cosa mas que pesa, pero que necesito acceso rápido(imagenes de Maquinas virtuales android por ejemplo), pero luego los ficheros de los proyectos en si, el código, las imágenes, los sonidos, están dentro del HDD, al final me ahorro unos gigas de SSD usando el HDD para cosas que no requieren alta velocidad de lectura.
Todo depende al final de el uso que le vayas a dar, y como te organices tú