Sí se puede. Puedes dejar una para los juegos del USBadvance/USBeXtreme y otra para pelis y demás que te la lea el SMS. La del SMS tiene que estar en FAT32 y la de los juegos se formatea con el programa USBeXtreme.
Con respecto al orden, tienes que probar antes de empezar a llenar el disco duro con cosas. Lo mismo te va bien con los juegos al principio y primaria que con los juegos al final y lógica. No sé de qué depende esto, porque se me ha dado el caso de dos discos duros diferentes, formateados de la misma manera y orden, y uno ha funcionado bien y el otro no, he tenido que cambiarle el orden para que fuera bien.
Haz las particiones, formatea cada una debidamente y pon una canción mp3 por ejemplo e instala un juego lo más pequeño posible, y si cada programa lee su partición correspondiente, pues ya puedes seguir llenando.