Hola,
Me da que FAT32 no soporta la grabación de archivos mayores de 4Gb así que no podras grabar los juegos .iso en el HD, además esta tabla de particiones se fragmenta fácilmente. Debes formatear la segunda partición en NTFS, Mac OSX extended, etc. Por otro lado creo que no habrá problema en que el xk3y reconozca tu partición de disco duro, asegúrate de alimentar bien el HD con un conector usb en Y conectado al donggle del chip y a un usb de la consola o mejor aún utiliza una fuente de alimentación externa. Saludos.