Si te refieres a en la instalación, cuando llegues al particionado elige particionado manual.
Haces 3 particiones, una en ext3, otra swap y otra más en ext3. A la primera le pones la marca de arranque y el punto de montaje /, a la swap no hay que hacerle nada y a la tercera le pones el punto de montaje en /home.
Los tamaños, los que quieras. Yo ahora tengo 8GB para /, 0.7GB para swap y el resto para /home.
La próxima vez que quieras reinstalar ubuntu, actualizarlo de cero o cambiarlo por otro linux, eliges de nuevo el particionado manual, pones los mismos puntos de montaje para las 3 particiones. Ahora has de tener cuidado de decirle que borre los datos de la partición / y que conserve los de la partición /home.
