Tiene que ser la pila. Por lo que dices, parece que mientras juegas la pila coge algo de carga, pero está claro que debes cambiarla. Por eso si pasan unos minutos y vuelves a encender la consola, desaparece la partida. Mi cartucho de Pokemon cristal me hace lo mismo, la carga le dura un rato y me borra la partida, o la deja corrupta.