Pues es raro, porque yo me he pasado sin problemas partidas de juegos como Prinny, WTF, Badman, FFVII (de la Store), y he podido continuarlas en la Go...
Míralo bien, quizá es porque es uno de esos juegos que crea dos archivos de guardado, el de datos de sistema y el de tu perfil, y sólo has pasado uno.