En primer lugar el formato de backup de juegos digitales es .nsp (Nintendo Submission Package), te lo digo más que nada porque .NDS se refiere a un backup de un cartucho de Nintendo DS.
En cuanto a lo que pides hay que reseñar varias cosas:
1.- El formato cartucho utiliza certificados, mientras que el formato digital usa tickets, los únicos que eran capaces de emular el certificado de los cartuchos de forma segura siempre y cuando usases una copia 1:1 era Team Xecuter y en las últimas versiones de SX OS lo bloquearon porque la gente los inyectaba en copias de otros cartuchos y acababa baneada. El formato digital es distinto, para que se pueda jugar online el ticket tiene datos de la cuenta y consola y tiene que estar firmado correctamente con una clave privada a la que no tienes acceso, los tickets de los "backups" tienen firmas incorrectas motivo por el que hacen falta parches para saltarse la verificación de forma local, de cara al servidor de Nintendo si te intentas conectar verá que tiene erróneos y terminará en un ban.
2. Puedes convertir instalar los cartuchos directamente, mediante backup 1:1 xci o convertido a nsp pero no vas a poder jugar online con ellos (directamente no te permitirá acceder a los servidores) y si lo intentas tu consola acabará baneada.
También decirte que con los juegos digitales legales no deberías de jugar online tampoco si tienes CFW en caso de que los tengas mezclados con juegos con "tickets" inválidos. Cada vez que la consola se conecta a la eshop intercambia datos de la base de tickets para actualizar el listado con las actualizaciones o nuevas licencias adquiridas. Se sabe desde hace mucho tiempo que estos datos se analizan a posteriori lo que termina en un bloqueo de la cuenta días o semanas después.