Que bien, teniendo el instalador 5.50 GEN-D3, se resuelve facilmente.
De hecho, con la tercer opción del menú GEN, puedes instalar cualquier otra OF, puedes subir directamente a 6.31, solo se debe agregar el EBOOT.PBP correspondiente a la raíz de la MS.
Saludos y que bueno que se resolvió, como dices es mejor no tocar la flash0, solo que vi la cantidad de mensajes y la antiguedad del amigo, por lo que creí que estaba informado.