EL problema es que el flasheo de una Xbox 360 no es un proceso enteramente limpio.
la consola guarda registros de todo, y no estamos seguros de que datos son enviados a Live.
En principio, con tal de que no hayas encendido la consola sin lector, y que no estes marcado en el Xval, no supondria tener problemas pero nunca se sabe tio.