Buenas
yo te puedo hablar de lilo.....
lilo se puede instalar donde se quiera y segun las necesidades pero instalando en un disquete el arranque va a ser mas lento y ademas el disquete algun dia puede fallar sobretodo si lo usas mucho....lo suyo seria arrancar desde hd y sobretodo tener un disco de arranque por si acaso....
si lilo ya esta instalado en el MBR del disco maestro por ejemplo puedes copiarlo a un disquete con
dd if=/dev/hda of=/mnt/fd0/nombre_archivo bs=512 count=1
pero eso no creo que arranque por si solo.... te serviria para hacer una copia para poder restaurar el MBR....
Podrias por ejemplo grabar los ficheros /sbin/lilo y /etc/lilo.conf en /mnt/fd0 y cambiar en la configuracion el boot a /dev/fd0 entre otras cosas porque creo que tambien necesitarias copiar los ficheros de arranque al disquete y al ejecutar lilo poner el parametro -C para indicar la ruta del fichero de configuracion, osea
/sbin/lilo -v -C /mnt/fd0/lilo.conf
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