Puedes sacarle el video y el audio usando DPG_Play (que es un reproductor de dpg para el pc, que tiene la particularidad que para visualizar el vídeo primero extrae el archivo de video (m1v) y el de audio (mp2))
Vuelves a juntar el vídeo y el audio con TMPGEnc, tendrás un archivo mpg.
NOTA: Hay una opción en TMPGEnc para juntar el audio y el vídeo sin recodificar
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Con el archivo nuevo tienes 2 opciones:
1)Le integras unos subtítulos nuevos que tapen los antiguos, no sé si quedará bien
hilo_tutorial-como-usar-subtitulos-con-moonshell_527375y conviertes a dpg
2)o editas el vídeo con TMPGEnc (programa para cambiar de 16:9 a 4:3)
Que corta la imagen (los laterales), para que se adapte a la pantalla 4:3, con cuidado que no llegue a cargarse el inicio o el final de alguna frase de los subtítulos
Se códifica el vídeo y despues se convierte a dpg
A lo mejor hay alguna manera más sencilla, lo mismo hay un editor de vídeo que trabaje con dpg directamente.
Saludos