A ve, dentro de mis limitados conocimientos (bien sea dicho, xD) yo tengo un metodo mas o menos efectivo:
Crea un cd con el ps2cdgen (o algo asi, es un programa para crear isos validas para ps2 muy famoso) con el PS2OS , como si solo fueras a ejecutar ese cd, pero dentro mete carpetas con los archivos a copiar al disco duro.
paso 1: Una vez hecho el cd, ejecutalo en tu ps2, ya sea por cogswap y por chip, y si no tienes ninguna forma (ni tienes chip ni puedes hacer cogswap por que te falta el cd del swapmagic o el action replay) hazlo en la consola de algun amigo.
Si es en tu consola, no habra problema, simplemente mirate el manejo de ps2os (cuesta, pero tiene buenas explicaciones) y copialo al disco duro desde el cd, puede que tengas que crearte una particion, pero es muy facil, te vas a pfs1: y te saldran las distintas particiones ya creadas, le das al cuadrado, te saldra para poner el nombre y el tamaño deseado, lo designas y punto.
ya esta todo en este caso.
paso 2:Si es en la de un amigo, tendras que instalarte las files para ejecutar el hdloader desde la memory card (hay una guia en este mismo foro) en tu memory card, creando otro cd (guia).
Entonces, metes los archivos, junto al hdloader y el ps2os.elf en la memory card, haciendo el paso 1. ya no necesitas la consola del amigo una vez lo tienes todo en la memory card.
Entonces, cargas la pantalla verde que sale antes de cargar en hdloader (sale sola al meter el cd de ps1 enlazado con la memory en el slot 1) y en vez de ejecutar el hdloader, ejecutas de nuevo el ps2os y guardas todo en el disco duro, creando la particion si lo necesitas.
ahora, cuando kieras ejecutar el archivo elf que quieras encenderas la consola, cargara la pantalla verde y en vez de irte a la memory te vas a pfs1: presionando R1 (creo que se llama asi la unidad de disco duro, la encontraras enseguida) y con L1 cambias de particion hasta encontrar en la que guardaste los archivos. ejecutas el .elf y listos ^^
Un saludo ^^ (y lo siento si en algunas cosas he dicho cosas pue se presupone que sabes, pero es que no se cuanto sabes de esto xD)