He probado los dos programas y lso resultados no me han convencido para nada, sobretodo el segundo. No obstante he encontrado otra forma, hoy mismo la he publicado en mi blog, pero no pondré la url por aquí para no hacer SPAM, si alguien quiere le paso la dirección. Ademas lo explicaré por aqui por si alguien más en un futuro tiene ese mismo problema:
Abrimos la película *.fla y buscamos las opciones de publicación de Flash.
En la ventana que nos aparece activamos la casilla para publicar en *.MOV. Recordamos que este tipo de videos solo es compatible con QuickTime, pero no nos importa, puesto que luego lo reconvertiremos. Eso sí, debemos tener instalado el programa sino no podremos exportar.
Renderizamos la película.
Comprobamos que funciona el video. Realmente me quedé sorprendido de lo poco que ocupaba el video y la calidad que tenia.
Utilicé después un programilla muy sencillo e intuitivo que se llama Hamster Free Video Converter (Gratuito) que con 3 sencillos pasos nos convierte el video que nosotros queramos a cualquier formato pensable.
Et Voila! Convertimos al formato que deseemos y ya está. Sin pérdida de calidad y en 5 minutos.