-Mi recomendación es el PSP Video 9 (Bastante famoso y popular...).
Su punto fuerte estaría en que siendo un simple novato, sin conocimiento o sin tiempo para aprender, se te permite tener tus conversiones de video con una sorprendente y más que satisfactoria calidad, en cuestión de poco tiempo, y con los perfiles por defecto, Al tiempo que por si el contrario eres un usuario más avanzado, tienes tiempo (paciencia) y ganas de profundizar para que las configuraciones (muchas, y esto es bueno para el que sabe) no tengan secretos y tus videos queden exactamente del modo en que los tenias pensado, el programa te irá de perlas.
(No he probado otros, pero para ser sincero en cuanto a las comparaciones; he oído que otros son más rápidos o que desprecian ciertas opciones por dejar un acabado impecable en los primeros problemas que siempre surgen. El PSP Video 9 sería... Completo)
-Respecto al problema que comentas, es conocido, y si por ejemplo te ha surgido al usar el PSP Video 9, podré decirte que tiene solución, y que solo habrá sido algun despiste o error en el procedimiento.
Cooperacion!