Si, para que pueda arrancar correctamente el .bin el programa sdpatcher tiene que cambiar unos valores del registro maestro de arranque de la SD (MBR), con eso y el sdloader.bin en la raiz de la tarjeta es suficiente.
Si que tiene que estar formateada en fat16, asi que la formateas primero en fat16, después le pasas el sdpatcher.exe X: (Letra de la unidad) y copias el sdloader.bin
Y con eso es suficiente.